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Navalafuente presenta una notable variedad de formaciones vegetales, teniendo en cuenta su pequeña superficie (12 km2 aprox.). En la zona norte del municipio, donde el terreno presenta mayor inclinación al encontrarse al pie de las montañas, se desarrollan unas interesantes formaciones botánicas como son los enebrales de enebro de la miera (Juniperus oxycedrus) presentes en el cerro de la Mesa. El enebro es principalmente una especie acompañante en formaciones boscosas de otros árboles, fundamentalmente en encinares, pero en determinadas circunstancias puede llegar a formar verdaderos bosquetes en los que son la especie dominante, como sucede en Navalafuente.

Según los expertos son dos los principales factores que favorecen el desarrollo de los enebrales: La eliminación de la encina (Quercus ilex subsp. ballota) por tala y sobrepastoreo y la adaptación del enebro a suelos pobres donde no pueden crecer especies más exigentes a este respecto como la encina, el rebollo (Quercus pyrenaica) o el quejigo (Quercus faginea). En estos enebrales aparecen matorrales de pequeño – mediano porte, como la jara pringosa (Cistus ladanifer), cantueso (Lavandula stoechas subsp. pedunculata) o tomillos (Thymus sp.).

Otra formación vegetal muy presente en Navalafuente es el encinar. Una importante superficie de la mitad meridional del municipio se encuentra poblada por la encina o carrasca. El intenso uso antrópico que ha recibido esta especie ha propiciado una gran variedad de ambientes cuyo denominador común es esta quercínea (dehesas, bosquetes, formaciones de matorral…). Junto a la encina aparecen jaras, escobas (Cytisus scoparius), cantuesos, tomillos, torviscos (Daphne gnidium), gamones (Asphodelus albus), entre otras especies, que durante la primavera, cuando florecen, tiñen de colores el paisaje.

El aprovechamiento ganadero que se realizada en el pueblo, desde tiempos inmemoriales, se lleva a cabo principalmente en fincas privadas, de pequeño o mediano tamaño, delimitadas por cercas de piedra. En estas zonas donde los pastizales son el hábitat principal, los árboles se desarrollan junto a estos cercados, dado lugar a un paisaje característico. Una de las especies típicas que aparecen en estos linderos es el fresno (Fraxinus angustifolia). Además, se encuentran zarzas (Rubus sp.), rosales (Rosa sp.), endrinos (Prunus spinosa), majuelos (Crataegus monogyna), encinas, enebros, etc.

Los cursos de agua que discurren por el municipio, y especialmente el arroyo Gargüeña, introducen unas condiciones ambientales que permiten la aparición de especies ligadas a suelos con mayor humedad edáfica como sauces (Salix sp.), chopos (Populus sp.), alisos (Alnus glutinosa), etc. Este último presenta la peculiaridad de ser capaz de fijar nitrógeno atmosférico gracias a una asociación simbiótica como bacterias.